De su vida se sabe muy poco. Al parecer perteneció a una familia noble de su ciudad, quizá incluso a la realeza, pues se cuenta que renunció al trono (aunque pudo tratarse de otro cargo) a favor de su hermano. En vida fue famoso por su libro "Sobre la naturaleza", título acostumbrado entre los presocráticos, que destaca por su dificultad, pues está formado por sentencias breves y tajantes, de ambigua interpretación en muchos casos. No en vano, Heráclito recibió el sobrenombre de "el oscuro".

En su reflexión sobre la realidad Heráclito constata, y ese es su punto de partida, el incesante fluir y cambiar del mundo. Todo se encuentra en constante movimiento. Esto queda expresado en la famosa sentencia:

No es posible bañarse dos veces en el mismo río ni tocar dos veces una substancia mortal en el mismo estado, a causa de la velocidad del movimiento todo se dispersa y se recompone de nuevo, todo viene y va.

Esta idea se ha resumido en el lema "Todo fluye" (Panta rei). Ahora bien, existe un principio fundamental subyacente al cambio, un logos, un principio activo, inteligente y creador. Este logos no supone una aniquilación de la diversidad y de los opuestos, sino al contrario, es lo que hace posible la oposición. Precisamente porque la oposición no resulta conciliadora, como puede ser en la teoría hegeliana, por ejemplo (que es deudora en gran parte de la filosofía de Heráclito hasta el punto de que el propio Hegel afirmó que no había proposición de Heráclito que él no hubiese acogido en su lógica), precisamente porque la oposición se mantiene, decíamos, Heráclito afirma:

La guerra es la norma del mundo y la guerra es la común progenitora y señora de todas las cosas.

Es de la oposición, de la tensión entre los opuestos, como de la tensión en las cuerdas del arco y las de la lira, de donde surge la vida. (Crescenzo, pg. 78).

Heráclito se vale del fuego para simbolizar a la vez la identidad subyacente por medio de un elemento y el incesante devenir del mundo a través de la forma siempre cambiante de la llama, pero no se refiere a este elemento de forma literal, en su más pura materialidad, como había hecho Tales y Anaxímenes.

Este mundo, que es el mismo para todos, no ha sido creado por ninguno de los dioses ni de los hombres, sino que fue siempre, es y será fuego eternamente vivo que se enciende según un orden regular y se apaga según un orden regular.

Por otra parte Heráclito también es innovador en su reflexión sobre el ser humano, en lo que supone el primer intento de reflexión antropológica. Ese preciso que "El hombre se observe a sí mismo", "no encontrarás los confines del alma, su razón es tanto más profunda cuanto más te adentras en ella". La investigación sobre el hombre revela al logos, que no es sino la ley, la ley que lo rige todo, tanto al hombre individual como a la colectividad. "Todas las leyes humanas se alimentan de una única ley divina y esta domina todo lo que quiere, es suficiente para todo y todo lo supera."

No obstante, aunque este logos se encuentra en todos y cada uno de nosotros, Heráclito habla del "hombre dormido" y el "hombre despierto" (ideas que pueden compararse, salvando las distancias, con el "último hombre" nietzscheano o con la "existencia auténtica" de Heidegger, respectivamente), siendo mayor el número de los "dormidos", esto es, de aquellos que no prestan atención al logos común, el vulgo, que Heráclito desprecia: "Son muchos los de ínfima clase, pocos los que valen", "La mayoría sólo piensa en saciarse, como una manada de animales". Heráclito era pues aristócrata por su origen y también por su carácter y opiniones.

Finalmente cabe resaltar que Heráclito es consciente de su propia filosofía (él mismo se autodenomina "filósofo") como una filosofía profunda, capaz de una investigación radical de la naturaleza, a pesar de que a ésta "le gusta ocultarse", en lugar del estéril saber acumulativo o erudito propio de otros filósofos:

Si no esperas no hallarás lo inesperado, que es inaccesible y no se puede encontrar.